`bcftools view --exclude-types ref` does not filter ref postions

[ghuls]

bcftools view --exclude-types ref does not seem to filter ref positions.

bcftools view --exclude-types ref test.bcf | grep -v '^#' | head -n 3
chr1    18      .       C       .       16.51   RefCall P;AN=2  GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     0/0:16:8:7:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.
chr1    19      .       C       .       22.28   RefCall P;F;AN=16       GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:16:2:1:.   ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:17:5:4:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   0/0:22:10:7:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:17:3:2:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:13:15:10:.  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:14:6:4:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:15:3:2:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:16:2:1:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.
chr1    20      .       T       .       18.47   RefCall F;P;AN=4        GT:GQ:DP:AD:PS  ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:18:2:1:.  ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     0/0:14:7:5:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.    ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.   ./.:.:.:.:.      ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.     ./.:.:.:.:.

Another thing I noticed:

$ bcftools view --exclude-types random test.bcf
[E::random] unknown type
Accepted types are snps, indels, mnps, other

$ bcftools view --types random /staging/leuven/stg_00090/ASA/analysis/20250428_patient_demultiplexing/WGS_chm13_BCFs_with_ref_calls_merged/WGS_chm13_BCFs.norm.remove_overlaps.bcf
[E::random] unknown type
Accepted types are snps, indels, mnps, other

The manual lists another list of types (at least for --exlude-types):

--types snps indels mnps other
--exclude-types snps indels mnps ref bnd other

bcftools/doc/bcftools.1

Lines 5860 to 5874 in e250385

	\fB\-v, \-\-types\fP \fIsnps\fP|\fIindels\fP|\fImnps\fP|\fIother\fP
	.RS 4
	comma\-separated list of variant types to select. Site is selected if
	any of the ALT alleles is of the type requested. Types are determined
	by comparing the REF and ALT alleles in the VCF record not INFO tags
	like INFO/INDEL or INFO/VT. Use \fB\-\-include\fP to select based on INFO
	tags.
	.RE
	.sp
	\fB\-V, \-\-exclude\-types\fP \fIsnps\fP|\fIindels\fP|\fImnps\fP|\fIref\fP|\fIbnd\fP|\fIother\fP
	.RS 4
	comma\-separated list of variant types to exclude. Site is excluded if
	any of the ALT alleles is of the type requested. Types are determined
	by comparing the REF and ALT alleles in the VCF record not INFO tags
	like INFO/INDEL or INFO/VT. Use \fB\-\-exclude\fP to exclude based on INFO tags.

[pd3]

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